均质机的注意事项包括以下三点：
1、均质机进出口压力
当产品为低粘度产品(如牛奶)时，推荐进口压力为3~10bar；对于高粘度的产品，进口压力推荐为4~10 bar，在均质机中应特别注意进料泵的选用。
均质机给料泵为离心泵时，由于离心泵为非正位移泵，与均质机联用时，其流速受到物料粘度和管道压力降的影响，要事先考虑到这些变化对离心泵的影响。比如给料泵是转子泵还是螺杆泵，因为转子泵、螺杆泵和均质机的柱塞泵都是正位移泵，只要流量匹配，就不必担心进口压力小于3 bar或4 bar，但是要注意的是压力超高10bar，因此要在均质机和物料泵之间加一个压力传感器来调节之间的流量。转子泵或螺杆泵给均质机供料时，不论变频进料压力如何，均压低于4 bar，则最大的可能性是正位移泵安全阀在进料时起跳，造成物料回流。
无论低粘度产品，还是高粘度产品，均质机出口压力都建议3~20 bar；由于灭菌设备一般有4~6 bar背压，均质机在超高温条件下均未考虑均质机出口压力，而在只将均质机作为单台设备时，如稀奶油在罐装前均质，如棕色饮料生产物料均质，这些工况均质机出口应增加背压阀，以保持4bar以上的出口压力。
需要特别要注意的是，无论在生产过程中还是在CIP清洗过程中，均质机都不允许断料。
通常在3-10 bar之间，大粘度为4-10 bar，大粘度为4-10 bar。主要防止入口压力不足，使管道真空，压缩膨胀后振动，损坏腔体。均质机出口一般也会保持3-20bar的压力，若压力太低也会引起管路振动，但这个不是必须的。
2、均质机冷却水系统
均质机冷却水一进两出。冷却水进入均质机后分成三路，一路用于冷却柱塞、一路用于冷却曲轴箱油温、一路用于冷却齿轮箱油温。均质机里的柱塞冷却水与齿轮箱冷却水合并后排出。注意曲轴箱的油温是不允许超过55℃的。
3、均质机的CIP清洗
对无菌性均质机而言，柱塞处和安全阀都要求有汽障保护，以确保无菌状态，但这也会造成温度过高的蛋白质变性，造成均质机清洗困难。对于此目前没有很好的解决措施，只能增加清洗时间。
均质机出口和入口管道通常比物料管道粗。根据物料管道的清洗流量，往往无法清洗。入口管径为101mm，出口管径为76mm；物料管道为51mm；这是通常增加循环增压泵来解决清洗流量低的问题。
关于均质机两个减震管的清洗，通常是人工拆卸清洗。
