染菌分为培养皿自身染菌和拆包装操作不当引起二次染菌（使用前做仔细区别，检验到期后再使用）。
1、培养基自身带菌（以霉菌为主且菌落通常在培养基内部或表面）。
（1）厂家生产控制不严，灭菌前微生物负载量过大。
（2）伽马射线灭菌剂量偏低(霉菌的耐受性较强）。
（3）包装破损出现的二次污染。
2、使用不当出现的染菌问题（细菌霉菌几率均等，多在培养基表面或琼脂和平皿的测边缘）。
（1）小包装使用剩余的暂存（冰箱或A级区域）。
（2）拆包装在普通区传递窗一次性拆除三层包装的特殊案例。
（3）拆包装时动作幅度过大，平皿散落。
（4）上述两项中会出现特殊染菌现象，菌在平皿边缘生长，或延平皿与培养基缝隙生长的特例。（这个通常和包装真空，气流倒吸相关）。
处理措施：
A、拆包装前认真观察，染菌平皿很容易在使用前被发现。
B、过新批次，和低温存放是霉菌假阴性结果的潜在风险加大。
C、对操作人员进行必要的培训，增强无菌操作意识。
培养皿染菌的后果很严重，直接导致结果不准确，浪费时间不说，主要是耽误整体进度和实验研究，所以应该树立正确的无菌意识，操作过程小心谨慎。
